Ihr Rundgang beginnt in der Jungsteinzeit (Neolithikum) und führt zu Funden aus der Siedlung Dikili Tash. Den größten Teil des Museums nimmt die Dauerausstellung „Neapolis – Christoupolis – Kavala“ ein, die der zeitübergreifenden Präsenz der Stadt unter Bezugnahme auf ihre Bauten und Monumente gewidmet ist.
Eine wichtige Rolle spielt im Museum die Bezugnahme auf die Göttin Parthenos, die Schutzgöttin von Neapolis, und auf ihr Heiligtum – das einzige Bauwerk der antiken Stadt, das uns heute bekannt ist. Dabei handelt es sich um einen prächtigen ionischen Tempel aus dem frühen 5. Jh. v. Chr., der aus weißem Marmor von der Insel Thasos erbaut war. Im Museum sind architektonische Elemente des Tempels zu sehen, und zwar konkret zwei Säulen, die in ihrer Originalgröße den Besucher beeindrucken! Die Exponate umfassen unter anderem Skulpturen, Münzen und eine große Sammlung von Gefäßen und Idolen, wobei Letztere zumeist Opfergaben der Gläubigen an die Göttin waren, aber auch einen Miniatur-Marmortempel, der ebenfalls eine Opfergabe im Heiligtum der Göttin Parthenos war und vermutlich ein Abbild eines früheren Tempels derselben Göttin darstellt.
