Η περιήγησή σας ξεκινά από τη νεολιθική περίοδο με ευρήματα από τον οικισμό Ντικιλί Τας. Το μεγαλύτερο μέρος του μουσείου καταλαμβάνει η μόνιμη έκθεση με τίτλο «Νεάπολις – Χριστούπολις –Καβάλα», με θέμα τη διαχρονική παρουσία της πόλης μέσα από τα μνημεία της.
Σημαντική θέση στο μουσείο κατέχει η αναφορά στη θεά Παρθένο, την πολιούχο θεά της Νεάπολης, και στο ιερό της, το μοναδικό κτίριο της αρχαίας πόλης που γνωρίζουμε. Πρόκειται για μεγαλοπρεπή ιωνικό ναό των αρχών του 5ου π.Χ. αιώνα, κτισμένο με λευκό μάρμαρο από τη Θάσο. Στο μουσείο θα δείτε αρχιτεκτονικά μέλη του ναού, συγκεκριμένα δύο κίονες του στο πραγματικό τους ύψος, το οποίο εντυπωσιάζει! Μεταξύ άλλων, γλυπτά, νομίσματα και μεγάλη συλλογή αγγείων και ειδωλίων, τα οποία ήταν συνήθως αφιερώματα των πιστών προς τη θεά, καθώς και έναν μαρμάρινο μικρογραφικό ναΐσκο, επίσης αφιέρωμα στο ιερό της Παρθένου, ο οποίος πιθανόν απεικονίζει τον παλαιότερο ναό της θεάς.
