Όταν ο Απόστολος Παύλος επισκέπτεται τους Φιλίππους το 49/50 μ.Χ., ιδρύοντας την πρώτη χριστιανική εκκλησία στην Ευρώπη, η φυσιογνωμία της πόλης αλλάζει. Το κήρυγμα του Αποστόλου Παύλου ακούει μεταξύ άλλων και μια γυναίκα, με το όνομα Λυδία. Η Λυδία αποφασίζει να βαπτιστεί στα νερά του ποταμού Ζυγάκτη και γίνεται έτσι η πρώτη Ευρωπαία χριστιανή στην ιστορία. Ο Απόστολος Παύλος επισκέπτεται άλλες τρεις φορές τους Φιλίππους, γεγονός που σε συνδυασμό με την Επιστολή προς Φιλιππησίους, φανερώνει τη μακρά και στενή σχέση μεταξύ του Αποστόλου και της κοινότητας των Φιλίππων.
Πολύ κοντά στον αρχαιολογικό χώρο βρίσκεται σήμερα και το σύγχρονο Βαπτιστήριο της Αγίας Λύδιας (1974) σχεδιασμένο σύμφωνα με τα αρχιτεκτονικά πρότυπα του Οκταγώνου, ενώ στην παρακείμενη όχθη του ποταμού Ζυγάκτη βρίσκεται υπαίθριο βαπτιστήριο, όμοιο με εκείνα που σώζονται στις παλαιοχριστιανικές Βασιλικές των Φιλίππων σε σχήμα σταυρού, μέσα στα ρέοντα νερά του ποταμού. Κάθε χρόνο, στις 20 Μαΐου, ανήμερα της μνήμης της Αγίας Λυδίας της Φιλιππησίας, μετά το πέρας της Θείας Λειτουργίας, τελείται βάπτισμα ενηλίκων στον ποταμό Ζυγάκτη. Η παρουσία στο μυστήριο του βαπτίσματος συνιστά μία μοναδική πνευματική εμπειρία.