Лицо города значительно изменилось после посещения апостола Павла в 49-50 годы н. э. и основания им первой в Европе христианской церкви. Среди слушателей проповеди апостола Павла оказалась почтительная женщина по имени Лидия. Она решила принять святое крещение в водах реки Зигактис и таким образом стала первой европейской христианской в истории. Апостол Павел трижды посещал Филиппы. Годы спустя он написал филиппийцам послание. Эти факты свидетельствуют о долголетних теплых отношениях между апостолом и христианской общиной македонского города.
Недалеко от археологического комплекса находится современный Баптистерий Святой Лидии (1974), спроектированный в соответствии с архитектурными стандартами Октагона, а на противоположном берегу реки Зигактис расположен открытый баптистерий, идентичный баптистериям, сохранившимся в древнехристианских базиликах в Филиппах, построенным в форме креста в проточных водах реки. Ежегодно 20 мая, в день престольного праздника святой Лидии, после Святой Литургии, в реке Зигактис крестят взрослых. Присутствие притаком ритуале наполняет уникальными духовными ощущениями.