Das Archäologische Museum in Philippi umfasst zwei Einheiten mit Ausstellungsräumen, die zur Dauer-Präsentation der Ausgrabungsfunde aus der antiken Stadt genutzt werden:
Einheit Α΄: Umfasst das gesamte Parterre mit einer Fläche von 380 m2. Hier wird archäologisches (Inschriften, Skulpturen, Gefäße, Münzen, Schmuck), historisches und Bildmaterial zur Stadt Philippi und ihrer Umgebung präsentiert, das aus prähistorischer Zeit und bis zum Ende der römischen Antike stammt.
Einheit Β΄: Umfasst die erste Etage des Gebäudes mit einer Fläche von 205 m2. Hier wird die christliche Stadt Philippi (anhand von Inschriften, Bauelementen, Mosaiken, Gefäßen, Münzen von ihrer frühchristlichen Blütezeit bis zu ihrem Niedergang im 7. Jahrhundert und der endgültigen Verwüstung nach der türkischen Eroberung Ende des 14. Jahrhunderts präsentiert.