Археологический музей в Филиппах состоит из двух разделов с демонстрационными залами для постоянной выставки экспонатов из раскопок древнего города:
Первый раздел расположен на площади 380 кв. м. и занимает весь первый этаж. В нем представлены археологические экспонаты (надписи, скульптуры, керамика, монеты, ювелирные изделия), исторический и визуальный материал города Филиппы и близлежащего региона от доисторических времен до конца античного римского периода.
Второй раздел расположен на площади 205 кв. м. на втором этаже здания, и представляет христианский город (надписи, архитектурные фрагменты, мозаика, керамика, монеты) с периода его расцвета в древнехристианские времена до его упадка в VII веке н.э. и окончательного запустения после захвата турками в конце XIV веке.