Το κτίριο του Ιερού Ναού του Αγίου Νικολάου χτίστηκε περί τα μέσα του 16ου αιώνα και λειτούργησε ως μουσουλμανικό τέμενος με το όνομα Ιμπραήμ Πασά, ο οποίος υπήρξε κατά το 1530 βεζίρης και γαμπρός του σουλτάνου Σουλεϊμάν του Μεγαλοπρεπή. Ήταν το κεντρικό τέμενος στην Παλαιά Πόλη της Καβάλας, αφού λόγω της θέσης του δέσποζε στο κέντρο της αγοράς και αποτελούσε μέρος ενός γενικότερου συγκροτήματος με την ονομασία Ιμαρέτ, που απαρτιζόταν από ιδρύματα κοινής ωφέλειας (τζαμιά, μεντρεσέδες, πτωχοκομεία, χάνια, λουτρά, καταστήματα). Η μετασκευή του σε Ιερό Ναό έγινε περίπου το 1926, και το 1945 εγκαινιάσθηκε και ονομάσθηκε επ’ ονόματι του προστάτη των θαλασσών Αγίου Νικολάου.
Στη θέση που βρίσκεται σήμερα ο ναός και παλαιότερα το τζαμί υπήρχε παλαιοχριστιανική Βασιλική, απομεινάρια της οποίας σώζονται και βρίσκονται στο Βήμα του Αποστόλου Παύλου, και η οποία ήταν πιθανόν αφιερωμένη στον Άγιο Λάζαρο ή στον Απόστολο Παύλο. Ο αρχιτεκτονικός ρυθμός προκαλεί εντύπωση για ορθόδοξο ναό, αφού έχει κρατήσει την ισλαμική τεχνοτροπία εξωτερικά, συμπληρωμένης βέβαια με την ύπαρξη του καμπαναριού στη βάση του παλαιού μιναρέ. Τα παρεκκλήσια του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου και του Αγίου Δημητρίου, όπως και ο πρόναος είναι μεταγενέστερες προσθήκες. Έτσι ο Ιερός Ναός θεωρείται τρισυπόστατος. Το δεξιό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Δημήτριο, το αριστερό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο και το κεντρικό κλίτος είναι αφιερωμένο στον Άγιο Νικόλαο.
Στον περιβάλλοντα χώρο του Ιερού Ναού έχει ορισθεί από τον μακαριστό επίσκοπο Φιλίππων και μετέπειτα Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος, κ.κ. Χρυσόστομο Χατζησταύρου, το σημείο, όπου αποβιβάστηκε ο ιδρυτής της τοπικής Εκκλησίας και Απόστολος των Εθνών Παύλος κατόπιν οράματος, στο οποίο άγνωστος Μακεδόνας άνδρας του παρήγγειλε: «διαβάς εις Μακεδονίαν βοήθησον ημίν». Σε αυτό το σημείο, το 2000, η Αποστολική Μητρόπολη Φιλίππων Νεαπόλεως και Θάσου υπό του σεβασμιωτάτου Μητροπολίτου κ.κ. Προκοπίου έχει αναγείρει μνημείο εις ανάμνηση του γεγονότος του ερχομού του Αποστόλου Παύλου και της διάδοσης του Χριστιανισμού στην Ευρωπαϊκή Ήπειρο.
