Здание, в котором ныне находится церковь Святого Николая, было построено в середине XVI века, и во времена османского владычества служила мечетью и носила имя Ибрагима-паши, который в 1530 году, являлся великим визирем и зятем Сулеймана Великолепного.
В Старом городе это была центральная мечеть, поскольку располагалась в центре рыночной площади и являлась частью более крупного комплекса под названием Имарет, в котором находились благотворительные религиозные, образовательные и социальные учреждения (мечети, медресе, приюты для неимущих, постоялый двор, баня и магазины). Переоборудование мечети в церковь длилось с 1926 до 1945 года. Храм был освящен и посвящен во славу защитника всех моряков – Святого Николая.
На месте, где сейчас стоит храм, раньше была мечеть, а до того — раннехристианская базилика,сохранившиеся остатки которой находятся на прославленном Пути апостола Павла. Она, вероятно, посвящалась святому Лазарю или апостолу Павлу.Несмотря на внешнее сходство с исламской мечетью, наличие колокольни на основе бывшего минарета и ряд других признаков придают архитектурной концепции православную направленность.Часовни церкви Святого Иоанна Златоуста и Святого Димитрия, как и притвор (место у входа) являются последующими дополнениями. Таким образом, Святой Храм является триединым.Правый клирос (крыло) посвящен Святому Димитрию, левый – Святому Иоанну Златоусту, а центральный – Святому Николаю.
На территории Храма благословенный епископ города Филиппы, а в последствии Архиепископ Афинский и всея ЭлладыХрисостомХадзиставрос отметил место, где когда-то высадился на эту землю основатель здешней Церкви и Апостол Наций Павел, и где ему приснился сон (в некоторых источниках речь идет о видении), в котором неизвестный македонец обратился к нему: «Приди в Македонию и помоги мне».
На этом месте в 2000 году Апостольская Митрополитская церковь Филиппов, Неаполиса и Тасоса во главе с его высокопреосвященством Митрополитом
Прокопием воздвигла памятник в честь Апостола Павла и распространения Христианства в юго-восточной части Эпира.
